合肥市疾控中心成立于2003年12月，是公益一類事業(yè)單位，核定編制133人，目前現(xiàn)有在職職工151人，其中高級職稱31人、中級職稱47人；專業(yè)技術(shù)人員占91.3%；擁有博士2人、碩士48人、本科71人，本科以上人員占比79.3%。中心內(nèi)設(shè)11個專業(yè)科室、7個職能科室及3個開發(fā)區(qū)分站。主要承擔(dān)全市重大公共衛(wèi)生服務(wù)，突發(fā)公共衛(wèi)生事件處置，學(xué)校衛(wèi)生、環(huán)境衛(wèi)生、食品衛(wèi)生和生活飲用水監(jiān)測，慢性病防控和全民健康促進(jìn)等工作。
        中心堅持以人的健康為中心、科研創(chuàng)新為動力，力求補(bǔ)短板、建機(jī)制、促改革,全面提升疾病防控綜合服務(wù)能力。近年來政府支持力度不斷加大，市級財政投入實現(xiàn)數(shù)倍增長。中心新址已啟動建設(shè)，將于2021年投入使用，建筑面積達(dá)2.2萬平方米，其中實驗室1.2萬平方米。中心全面推行“6S”精益管理，樹立疾控新形象。創(chuàng)新健康知識傳播模式，制作“小吉守健康”系列動漫健康公益宣傳片，不斷向市民傳播健康知識。中心實驗室具有CMA（中國計量認(rèn)證）和CNAS（中國合格評定國家認(rèn)可委員會）實驗室認(rèn)可資質(zhì)，可開展7類163個國家實驗室認(rèn)可和12類485個省級計量認(rèn)證檢測項目，發(fā)現(xiàn)的一株H9N2亞型流感毒株被WHO選為疫苗推薦株。同中國疾控中心、安醫(yī)大、安徽大學(xué)建立科研合作關(guān)系，實現(xiàn)科研能力新突破。“衛(wèi)生應(yīng)急學(xué)科”為省級重點(diǎn)學(xué)科，環(huán)境衛(wèi)生、慢性病管理、學(xué)校衛(wèi)生、免疫規(guī)劃、艾滋病防控等學(xué)科建設(shè)處于全省領(lǐng)先地位。不斷加強(qiáng)人才隊伍建設(shè)，建立內(nèi)部激勵機(jī)制，首次開展“十大突出貢獻(xiàn)獎”、“十大杰出青年”評選等。
        中心承接國家空氣污染對人群健康影響監(jiān)測、公共場所危害因素監(jiān)測、COPD監(jiān)測、心血管高危人群綜合干預(yù)、城市癌癥早診早治、世行高血壓防治綜合管理等項目。成功申報國家環(huán)境健康風(fēng)險評估試點(diǎn)單位和全國首批疾病預(yù)防控制信息化試點(diǎn)單位。腫瘤監(jiān)測數(shù)據(jù)從2013年起連續(xù)六年被《中國腫瘤登記年報》收錄，2010～2012年腫瘤登記數(shù)據(jù)被世界衛(wèi)生組織國際癌癥研究署《五大洲癌癥發(fā)病率》收錄。先后榮獲全國先進(jìn)集體、安徽省“五一勞動獎狀”、中共合肥市委先進(jìn)黨組織、合肥市政府先進(jìn)集體、合肥市“三八紅旗”先進(jìn)集體等稱號。